Jekyll2024-03-18T11:17:34+00:00https://interhop.org/feed.xmlInterHopPour les logiciels libres, l'interopérabilité et l'utilisation auto-gérée des données de santé à l’échelle locale{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}Sondage - Datathon 20242024-02-20T00:00:00+00:002024-02-20T00:00:00+00:00https://interhop.org/2024/02/20/datathon<p>L’association InterHop aimerait organiser un hackathon sur données (Datathon) en 2024.</p>
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<p>Un datathon est un événement regroupant sur quelques jours des spécialistes du traitement des données pour travailler de façon collaborative sur de la programmation informatique.</p>
<p>En seulement deux à trois jours, les équipes sont chargées de développer une solution en réponse à une problématique de recherche spécifique.</p>
<div class="responsive-video-container">
<iframe title="DAT-ICU 2018 : 48h de datathon pour rapprocher réanimateurs et experts en analyse de données" width="560" height="315" src="https://peertube.interhop.org/videos/embed/83f063da-cdd4-45de-8c13-aba5c695ab10" frameborder="0" allowfullscreen="" sandbox="allow-same-origin allow-scripts allow-popups"></iframe>
</div>
<h1 id="où-">Où ?</h1>
<p>Le datathon aura lieu à la Maison Des Associations, <a target="_blank" href="https://www.openstreetmap.org/search?query=6%20cours%20des%20alli%C3%A9s%2035000%20Rennes#map=19/48.10478/-1.67646">6 Cours des Alliés à 35000 Rennes</a></p>
<p>Pour information, Rennes est à 1h30 de Paris en TGV :-)</p>
<h1 id="quand-">Quand ?</h1>
<p>La date n’est pas encore totalement fixée.
Surement les jeudi et vendredi 5-6 ou 12-13 septembre 2024.</p>
<h1 id="données">Données</h1>
<p>Les jeux de données ne sont pas clairement fixés.</p>
<p>Mais c’est certain ! Le modèle commun de donnée OMOP et notre application low code de DataScience <a href="https://interhop.org/2023/11/15/linkr-logiciel-datasciences">LinkR</a> seront de la partie.</p>
<h1 id="nous-avons-besoin-de-vous">Nous avons besoin de vous</h1>
<p>Avant de réserver la salle pour vous accueillir nous aimerions connaître le nombre approximatif de personnes intéressées par cet évènement.
<em>Merci de renseigner votre contact sur ce formulaire en cas d’intérêt (même potentiel) : <a href="https://goupile.interhop.org/datathon">https://goupile.interhop.org/datathon</a></em></p>
<p>Aidez-nous financièrement avec un don (défiscalisé à hauteur de 66 % du montant de votre don) sur <a href="https://interhop.org/dons">interhop.org</a>. Un petit don mensuel est mieux, pour nous, qu’un don ponctuel.</p>
<p>Vous êtes chercheurs.euses ou soignant.e.s ? Aidez nous en utilisant nos services opensources associatifs installés sur des serveurs certifiés pour le soin.
Nous développons des logiciels libres/opensources pour faciliter la recherche en santé.
Nous promouvons la décentralisation des données.</p>
<iframe id="haWidget" allowtransparency="true" scrolling="auto" src="https://www.helloasso.com/associations/interhop/formulaires/1/widget" style="width: 100%; height: 750px; border: none;"></iframe>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}L’association InterHop aimerait organiser un hackathon sur données (Datathon) en 2024.Linkr x DataForGood2024-02-04T00:00:00+00:002024-02-04T00:00:00+00:00https://interhop.org/2024/02/04/dataforgood<p>🎬 C’est parti pour la 12e saison d’accélération de projets numériques d’intérêt général Data For Good !</p>
<p>LinkR est l’un des projets numériques accompagnés.</p>
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<div class="responsive-video-container">
<iframe title="LinkR x DataForGood" width="560" height="315" src="https://peertube.interhop.org/videos/embed/3d190b38-7a35-49b0-83e2-51e97ff12b3a" frameborder="0" allowfullscreen="" sandbox="allow-same-origin allow-scripts allow-popups"></iframe>
</div>
<blockquote>
<p><a href="https://dataforgood.fr/docs/dataforgood/" target="_blank">Data For Good</a> est une association loi 1901 (100% bénévole et non mercantile) créée en 2014 qui rassemble une communauté de 3200+ volontaires tech (Data, Dev, Designers) souhaitant mettre leurs compétences à profit d’associations et d’ONG et de s’engager pour l’intérêt général.</p>
</blockquote>
<p>Pour la saison 12 une dizaine d’associations et ONGs viendront présenter un projet numérique sur lequel ils ont besoin d’un coup de main. Des équipes citoyennes se formeront ensuite pour travailler ensemble pendant 3 mois et résoudre à leur échelle un grand défi social ou environnemental : lutte contre la pêche frauduleuse, évasion fiscale, transition énergétique, …</p>
<blockquote>
<p>LinkR est une plateforme web de data science en santé, permettant de simplifier la visualisation et l’analyse des données de santé à l’aide d’outils low-code. Le développeur principal est Boris DELANGE, membre de l’association InterHop</p>
</blockquote>
<p>Le projet de la saison 12 est d’améliorer LinkR en développant des plugins qui apporteront de nouvelles fonctionnalités low-code à l’application, aidant ainsi les cliniciens et data scientists à analyser les données de santé.
Des scripts de data cleaning pourront aussi être développés.
L’ensemble sera codé en SQL et en Python.</p>
<p>Vous pouvez voir la <a href="https://interhop.frama.io/linkr/linkr/fr_index.html" target="_blank">documentation en ligne</a>.</p>
<h2 id="les-objectifs">Les objectifs</h2>
<p>Vous pouvez également voir <a href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr/-/issues/" target="_blank">nos objectifs</a> présents sur notre dépôt git.</p>
<p>Nous aimerions pouvoir améliorer le logiciel en y ajoutant des <a href="https://interhop.frama.io/linkr/linkr/articles/fr_create_plugins.html" target="_blank">plugins</a>.</p>
<p>Les plugins seront codés en Python et SQL.
Ils seront ensuite intégrés à LinkR par un travail de conversion en R/Shiny pour la partie frontend.
Voir <a href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr/-/issues/6" target="_blank">cette issue</a>.</p>
<p>Nous aimerions également créer des scripts de data cleaning afin de faciliter les études réalisées sur les entrepôts de données de santé.</p>
<p>Ces scripts seront codés en SQL, en manipulant des données respectant le format de données <a href="https://ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm60.html" target="_blank">OMOP</a>, un modèle de données standard, international.</p>
<p>L’ensemble de ce travail sera partagé avec la communauté scientifique médicale, permettant d’accélérer la recherche portant sur les entrepôts de données de santé.</p>
<h2 id="léquipe-projet">L’équipe projet</h2>
<p>Ce projet sera encadré par Boris DELANGE coté InterHop et Nassima KHELDOUNI coté DataForGood.</p>
<p>Nous accueillerons tous.te.s les bénévoles avec plaisir. Les profils particulièrement recherchés sont les suivants :</p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/973f3d4f-1762-4b70-93cc-8e8038884584.png" alt="" /></p>
<h2 id="le-programme">Le programme</h2>
<p>La saison 12 commence le 3 février 2024, date à partir de laquelle il est possible de créer des équipes.
Le 20 mars aura lieu un point de mi-saison où les bénévoles et les chefs de projet partageront l’évolution du projet.
Le Démo Day aura lieu la dernière semaine d’avril.</p>
<p>Au terme de la saison, l’équipe d’InterHop prévoit d’organiser un <strong>datathon</strong> afin d’utiliser les plugins et les scripts qui auront été développés par les bénévoles. Les bénévoles de l’association DataForGood sont bien sûr conviés.</p>
<p>Rejoignez la communauté Data For Good sur <a href="https://dataforgood.fr/join/" target="_blank">Slack</a>.</p>
<p>Rejoignez InterHop sur nos réseaux sociaux.</p>
<h2 id="références">Références</h2>
<ul>
<li>Framagit : <a href="https://framagit.org/interhop/linkr">framagit.org/interhop/linkr</a></li>
<li>Issues : <a href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr/-/issues">framagit.org/interhop/linkr/linkr/-/issues</a></li>
<li>Doc : <a href="https://interhop.frama.io/linkr/linkr/fr_index.html">interhop.frama.io/linkr/linkr/fr_index.html</a></li>
<li>Tutoriels
<ul>
<li>Importer des données : <a href="https://interhop.frama.io/linkr/linkr/articles/fr_import_data.html">interhop.frama.io/linkr/linkr/articles/fr_import_data.html</a></li>
<li>Créer des plugins : <a href="https://interhop.frama.io/linkr/linkr/articles/fr_create_plugins.html">interhop.frama.io/linkr/linkr/articles/fr_create_plugins.html</a></li>
</ul>
</li>
<li>Vidéos : <a href="https://peertube.interhop.org/c/linkr/videos">peertube.interhop.org/c/linkr/videos</a></li>
<li>Modèle de données OMOP : <a href="https://ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm60.html">ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm60.html</a></li>
<li>Base de données MIMIC-III : <a href="https://physionet.org/content/mimiciii/1.4/">physionet.org/content/mimiciii/1.4/</a></li>
</ul>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}🎬 C’est parti pour la 12e saison d’accélération de projets numériques d’intérêt général Data For Good ! LinkR est l’un des projets numériques accompagnés.Bilan de l’année 20232023-12-16T00:00:00+00:002023-12-16T00:00:00+00:00https://interhop.org/2023/12/16/Newsletter-decembre<p>En 2023 nos projets opensources et associatifs se structurent. Une nouvelle association partenaire d’InterHop est créée : <a href="https://toobib.org">Toobib.org</a>.</p>
<p>Nous sommes heureux·euses de partager nos avancées avec vous !</p>
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<h1 id="pourquoi-lopensource-">Pourquoi l’opensource ?</h1>
<p>Nous avons récemment publié <a href="https://interhop.org/2023/11/03/la-recherche-sera-ethique">un article</a> qui questionne sur la place de l’éthique et le partage des connaissances dans le domaine du numérique en santé.</p>
<p>Voici quelques passages :</p>
<blockquote>
<p>Le “Serment d’Hippocrate et la Déclaration de Genève contiennent des engagements clairs de partage des connaissances: “JE PARTAGERAI mes connaissances médicales au bénéfice du·de la patient·e et pour les progrès des soins de santé”.</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>Cependant le modèle économique de développement des algorithmes impose souvent leur propriétarisation. Le code source de ces programmes est majoritairement caché et la protection de la propriété intellectuelle se fait au détriment des patient·es.</p>
</blockquote>
<blockquote>
<p>Un·e professionnel·le de santé impliqué·e dans l’innovation en soins de santé est donc souvent en conflit de valeur.</p>
</blockquote>
<p>InterHop se propose d’aider à résoudre ce conflit en promouvant le <a href="https://interhop.org/2021/01/18/opensource-libre-difference">logiciel libre en santé</a>.</p>
<h1 id="création-de-lassociation-toobib">Création de l’association Toobib</h1>
<p>InterHop est ravie d’avoir participé à la création de l’association Toobib aux côtés de <a href="https://toobib.org/us" target="_blank">plusieurs professionnel.le.s de santé</a>, de la <a href="https://dokos.io/" target="_blank">SAS Dokos</a>, de l’association <a href="https://p4pillon.org/" target="_blank">P4pillon</a> et du <a href="https://syndicat-smg.fr/" target="_blank">Syndicat de Médecine Générale</a>.</p>
<p>Côté patient·es, Toobib.org est une plateforme web de recherche des professionnel·les de santé enregistrés sur l’une des instances du réseau Toobib (en fonction de leur nom, de leur ville…).</p>
<p>Côté des soignant·es, <a href="https://toobib.org/toobibpro" target="_blank">ToobibPro</a> sera une plateforme permettant aux professionnel·les de santé d’utiliser des logiciels libres (FLOSS) tels que le gestionnaire de mots de passe (VaultWarden), la messagerie instantanée (Element/Matrix), la vidéoconférence (BigBlueButton) et le lecteur chiffré de bout en bout (Cryptpad). L’outil central de ToobibPro est le dossier électronique du patient basé sur l’ERP Dokos. Tous ces services seront également décentralisés, open source et chiffrés de bout en bout (dans la mesure du possible).</p>
<div class="responsive-video-container">
<iframe title="ToobibPro - Bref aperçu du logiciel" width="560" height="315" src="https://peertube.interhop.org/videos/embed/e9230879-6148-450c-9ddf-c2062a02f690" frameborder="0" allowfullscreen="" sandbox="allow-same-origin allow-scripts allow-popups"></iframe>
</div>
<p>Longue vie à l’association Toobib !!!</p>
<h1 id="développement-de-la-recherche">Développement de la recherche</h1>
<p>InterHop propose toujours un encadrement réglementaire (RPGD), notamment avec l’aide de sa Déléguée à la Protection des Données.</p>
<p>InterHop poursuit le développement de son formulaire de recueil de données en ligne et opensource <a href="https://interhop.org/2021/05/18/goupile-concevoir-formulaires">Goupile</a>. Il est parfait pour les études scientifiques notamment en santé.
Goupile est maintenant référencé sur le site <a href="https://code.gouv.fr/sill/detail?name=Goupilereferencement" target="_blank">“Socle Interministériel de Logiciels Libres”</a>.</p>
<div class="responsive-video-container">
<iframe title="Goupile ou comment concevoir des formulaires" src="https://peertube.interhop.org/videos/embed/c3e9ba0a-26c8-4f05-8f49-b3696db303e4" frameborder="0" allowfullscreen="" sandbox="allow-same-origin allow-scripts allow-popups"></iframe>
</div>
<p>Goupile est installé sur des serveurs certifiés pour les données de santé (HDS) et peut donc être délivré via une url dédiée et sécurisée. C’est d’ailleurs ce que nous faisons pour plusieurs projets nationaux de recherche.</p>
<p>A côté de Goupile nous avons mis en ligne le premier drive opensource certifié pour les données de santé. Il s’agit du drive CryptPad également installé chez <a href="https://gplexpert.com/hebergement-donnees-sante-hds/" target="_blank">GPLExpert</a> notre Hébergeur de Données de Santé (HDS).</p>
<h1 id="des-données-pour-quoi-faire-">Des données pour quoi faire ?</h1>
<p>InterHop est très fière de présenter son tout nouvel outil de recherche. Il s’agit de <a href="https://interhop.org/2023/11/15/linkr-logiciel-datasciences">LinkR</a>.</p>
<h3 id="linkr-à-quoi-ça-sert-">LinkR à quoi ça sert ?</h3>
<p>LinkR est une plateforme collaborative et opensource de data science en santé. Elle facilite la formation et le partage décentralisé des algorithmes utilisés durant la recherche (statistiques, machine learning, deep learning).</p>
<ul>
<li>pour le ou la <em>clinicien·ne</em>, elle permet d’accéder aux données de santé avec une interface graphique, ne nécessitant pas de connaissances en programmation</li>
<li>pour le <em>data scientist</em>, elle permet de manipuler les données via une interface de programmation R et Python</li>
<li>pour <em>l’étudiant·e</em>, elle permet d’apprendre la manipulation des données médicales</li>
</ul>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/99d98f74-0b2a-4118-b42c-2aae450dd5b3.png" alt="Données agrégées" style="border:solid 1px; color:#CECECE; padding:5px;" />
<em>Onglets de données agrégées avec un plugin "Figure (ggplot2)"</em>
</p>
<p>Avec Goupile et LinkR, InterHop apporte sa pierre à l’édifice pour une recherche plus ouverte et partagée.
D’ailleurs InterHop anime aussi un groupe d’entraide : <a href="https://interhop.org/2023/10/23/reunion-interchu-anesth-rea">InterCHU</a>. Ces journées sont un temps d’échange entre soignant·es et ingénieur·es en santé. Nous promouvons l’interopérabilité qui est un moteur du partage des connaissances. Ce temps permet de préparer la recherche de demain. Une recherche adossée aux logiciels libres, décentralisée par défaut.</p>
<h1 id="dons">Dons</h1>
<p>Pour qu’InterHop continue, nous faisons un appel à votre générosité. InterHop ne fonctionne pour l’instant qu’avec des stagiaires et des bénévoles. A côté de la location des serveurs HDS, nous souhaitons salarier une personne pour améliorer nos outils.
Nous avons aussi l’idée de proposer une plateforme opensource d’analyse des données…</p>
<p>Aidez-nous financièrement avec un don (défiscalisé à hauteur de 66 % du montant de votre don) sur <a href="https://interhop.org/dons">interhop.org/dons</a>. Un petit don mensuel est mieux, pour nous, qu’un don ponctuel.</p>
<p>Vous êtes chercheurs.euses ou soignant·es ? Aidez nous en utilisant nos services open sources associatifs installés sur des serveurs certifiés pour le soin.</p>
<p>Nous vous souhaitons de belles fêtes de fin d’année. Et à bientôt en 2024 !</p>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}En 2023 nos projets opensources et associatifs se structurent. Une nouvelle association partenaire d’InterHop est créée : Toobib.org. Nous sommes heureux·euses de partager nos avancées avec vous !LinkR2023-11-15T00:00:00+00:002023-11-15T00:00:00+00:00https://interhop.org/en/2023/11/15/linkr-logiciel-datasciences<div style="display: flex; align-items: center; justify-content: space-between;">
<div style="flex-grow: 1; display: flex; align-items: center;">
<h1 style="margin: 0;">Health data science software</h1>
</div>
<div>
<a href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/cbab0186-843b-4b63-9cee-ad9fee36a4ee.png" width="123" height="140" />
</a>
</div>
</div>
<!-- more -->
<p>Since the <strong>informatisation</strong> of hospital services, <strong>many data</strong> are available for research in the <strong>healthcare</strong> sector.</p>
<p>These data are stored in <strong>Clinical Data Warehouses</strong> (CDWs) within hospitals.</p>
<p>At present, to be able to use these data for research, you need to have <strong>advanced knowledge</strong> of <strong>programming</strong>. Indeed, manipulating this data requires skills in SQL, R and Python in particular.</p>
<p>Conducting studies on EDS requires <strong>close collaboration</strong> between <strong>clinicians</strong>, <strong>data scientists</strong> and <strong>statisticians</strong>.</p>
<p>There are <strong>collaborative work platforms</strong> such as <a href="https://jupyter.org/" target="_blank">Jupyter Notebook</a>, where code is mixed with the display of the results of executing that code. Nevertheless, this platform requires programming knowledge and has limited functionality, not being created for the specific purpose of creating studies on EDS data.</p>
<p>On the other hand, there is <strong>statistical analysis software</strong>, with so-called “no-code” <strong>graphical interfaces</strong>, enabling statistical analysis to be carried out without any a priori knowledge of programming. This type of software doesn’t usually allow you to modify the code, which is a limiting factor for the data scientist <em>and the development of new functionalities</em>.</p>
<p>This is why <strong>LinkR</strong> was created.</p>
<p>It’s a web application that allows :</p>
<ul>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-clinician-blue" alt="clinician" />: access health data via a <strong>graphical interface</strong>, requiring no programming skills</li>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" />: to manipulate data via a <strong>R</strong> and <strong>Python</strong> programming interface</li>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-student-FF6347" alt="student" />: to learn how to manipulate medical data, both by browsing patient records and by manipulating aggregated data.</li>
</ul>
<p>In this way, it enables the <strong>different stakeholders</strong> involved in medical research on EDS to work <strong>collaboratively</strong>, on a <strong>common platform</strong>.</p>
<p>Thanks to this common platform adapted to both <img src="https://img.shields.io/badge/-clinicians-blue" alt="clinicians" /> and <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientists-3EA646" alt="data scientists" />, studies can be carried out <strong>much faster</strong>, and with the contribution of the <strong>specificity of each</strong>: the medical expertise of the clinician and the data expertise of the data scientist.</p>
<h2 id="overview-of-linkr">Overview of LinkR</h2>
<p>LinkR enables the analysis of data from <strong>different sources</strong> :</p>
<ul>
<li>hospital <strong>EDS</strong> data</li>
<li>data from <strong>shared databases</strong>, such as the MIMIC or AmsterdamUMCdb databases</li>
<li>data from <strong>data repositories</strong>, in the form of CSV or Excel files.</li>
</ul>
<p>Once this data has been imported into LinkR, you can create <strong>studies</strong>.</p>
<p>Each study will include one or more subsets of patients.</p>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/b2832a77-29aa-488d-bd1e-2c37b19761c2.svg" alt="Structure des données" style="display:block; margin:auto;" /><br /><br />
<em>Organising data within LinkR</em>
</p>
<p>Once a study has been created, it needs to be configured.</p>
<p>The principle is simple: a study has an “Individual data” page and an “Aggregate data” page.</p>
<h3 id="individual-data">Individual data</h3>
<p>In the <strong>individual data</strong> page, I create a <strong>medical record</strong> template according to <strong>my needs</strong>.</p>
<p>For example, if my study concerns bacterial pneumonia, I will create :</p>
<ul>
<li>a tab where <strong>reports</strong> from medical <strong>imageries</strong> will be displayed</li>
<li>a tab where bacteriological <strong>results</strong> will be displayed</li>
<li>a tab displaying the <strong>antibiotic treatments</strong> received by the patient</li>
</ul>
<p>Benefits :</p>
<ul>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-clinician-blue" alt="clinician" /> can therefore view patient data as he is accustomed to doing, in the form of a medical file.</li>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> can, if he wishes, modify the code allowing data visualization.</li>
<li>the<img src="https://img.shields.io/badge/-student-FF6347" alt="student" /> can learn to read a clinical file</li>
</ul>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/8aa2af3b-16d9-4e9a-a7f0-7c5ab126d8ae.png" alt="Individual data" style="border:solid 1px; color:#CECECE; padding: 5px;" />
<em>Individual data tabs with a “Console R” plugin</em>
</p>
<h3 id="aggregated-data">Aggregated data</h3>
<p>Once this is done, we can <strong>continue our study</strong> by analyzing the <strong>aggregated data</strong>.</p>
<p>In the same way, I create <strong>tabs</strong>, corresponding to the <strong>different stages of my study</strong> :</p>
<ul>
<li>to visualize the distribution of data and eliminate <strong>outliers</strong> **data</li>
<li>to create and apply <strong>exclusion criteria</strong>, and</li>
<li>to create and view the <strong>flowchart</strong>, and</li>
<li>to produce the <strong>statistics</strong> of my study</li>
<li>to import a <strong>bibliography</strong></li>
<li>to create the <strong>report</strong> of my study</li>
</ul>
<p>Each of these examples corresponds to what we call a <strong>plugin</strong>: it is a script allowing you to add functionality to the application.<br />We will therefore have a “Flowchart” plugin, a “plugin” Bibliography” etc.</p>
<p>Advantages:</p>
<ul>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-clinician-blue" alt="clinician" /> can perform statistics on the data, without programming knowledge</li>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> can, once again, modify the tab code to add code not proposed by the plug-ins.</li>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-student-FF6347" alt="student" /> can learn about biostatistics.</li>
</ul>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/99d98f74-0b2a-4118-b42c-2aae450dd5b3.png" alt="Données agrégées" style="border:solid 1px; color:#CECECE; padding:5px;" />
<em>Aggregated data tabs with a "Figure (ggplot2) plugin"</em>
</p>
<p>The different stakeholders can <strong>communicate</strong> via the “<strong>Messages</strong>” tab.</p>
<p>So :</p>
<ul>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-clinician-blue" alt="clinician" /> can query the <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> if he has questions about programming</li>
<li>the <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> can query the <img src="https://img.shields.io/badge/-clinician-blue" alt="clinician" /> if he has questions about medicine</li>
<li>the<img src="https://img.shields.io/badge/-student-FF6347" alt="student" /> can question the <img src="https://img.shields.io/badge/-clinician-blue" alt="clinician" /> or the <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> depending on your needs</li>
</ul>
<h2 id="interoperability">Interoperability</h2>
<p>LinkR builds on the <strong>OMOP Common Data Model</strong>, which is a model used by many hospitals around the world.</p>
<p>This allows <strong>interoperability of data</strong>, it is thus possible to carry out <strong>multicenter studies</strong> easily, by only coding the study once.</p>
<p>LinkR integrates <strong>concept alignment</strong> tools, allowing you to match concepts contained in different databases.<br />For example to match the concept “123456 - Heart rate” from center 1 to the concept “ 456789 - HR (bpm)” from center 2.</p>
<p>It is also possible to share <strong>everything you develop</strong> within LinkR.</p>
<p>To know :</p>
<ul>
<li><strong>studies</strong>: if you have completed your study, you can share it with one click to other centers. From the application, they will be able to <strong>download your study</strong> and <strong>launch it on <em>their</em> data</strong>.</li>
<li>data cleaning <strong>scripts</strong> (what data scientist has never made a script to filter false weights and false sizes, and would not have liked to have one already developed available?)</li>
<li>the <strong>plugins</strong> that we saw above</li>
<li>the <strong>data sets</strong>: the codes allowing the sets to be loaded are shared, and not the data</li>
<li>the <strong>terminologies</strong>: you can share both the code allowing you to load the concepts, but also the <strong>concepts</strong> of the different terminologies as well as the <strong>alignments</strong> that you have made</li>
</ul>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/2a339440-b8aa-44ee-8236-4e4e632faf67.png" alt="Interoperability" style="width:100%; max-width:700px; display: block; margin:auto;" /><br />
<em>Algorithmic interoperability offered by LinkR</em>
</p>
<p>By combining <strong>data interoperability</strong> as well as <strong>algorithmic interoperability</strong> (sharing of studies, scripts and plugins), LinkR really allows research to be carried out according to the <strong>principles of the **principles of <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Science_ouverte" target="_blank">“Open Science” or open science</a></strong></p>
<p>This also allows <strong>protection of health data</strong>: LinkR follows a <strong>decentralized architecture</strong>, it is the <strong>algorithms</strong> that <strong>travel</strong> and not the data.</p>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/dc0a4f48-82b6-4769-9eec-43bd2ff3af62.png" alt="Plugin catalog" style="border:solid 1px; color:#CECECE; padding :5px; height:auto;" /><br />
<em>Catalog of plugins available on the InterHop git. Installing a plugin is done in one click.</em>
</p>
<h2 id="interhops-offer">InterHop’s offer</h2>
<p><strong>InterHop</strong> already offers <strong>data hosting</strong> on its <strong>HDS</strong> servers (health data host), rented from <a target="_blank" href="https://gplexpert. com/hebergement-donnees-sante-hds/">GPLExpert</a>.</p>
<p>The association also suggests using <a href="https://interhop.org/2021/05/18/goupile-concevoir-formulaires"><strong>Goupile</strong></a>, an eCRF tool, allowing <strong>collect data</strong> directly from HDS servers.</p>
<p>InterHop will soon offer <strong>use LinkR</strong> on <strong>HDS servers</strong>.</p>
<p>This will make it possible to collect the data and then carry out the studies in the <strong>same place</strong>, in a secure manner.</p>
<p>InterHop will also provide <strong>support</strong> for the <strong>use of LinkR</strong>.</p>
<h2 id="technical-specifications">Technical specifications</h2>
<p>LinkR is a web application created with the <strong>Shiny</strong> library in <strong>R</strong>.</p>
<p>It is <strong>open source</strong> software, under the <strong>GPLv3</strong> license.</p>
<p>The application can be installed via <a target="_blank" href="https://www.shinyproxy.io/"><strong>ShinyProxy</strong></a> and protected by SSO authentication.</p>
<p>To <strong>install</strong> the app, follow the steps <a target="_blank" href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr">given here</a>.</p>
<p>You can also <a target="_blank" href="https://linkr.interhop.org">test the app here</a>:</p>
<ul>
<li>with the “test” / “test” logs for ShinyProxy (see first image below)</li>
<li>by clicking on “LinkR - test - v0.2…”</li>
<li>then again with the “test” / “test” logs for LinkR (see second image below)</li>
</ul>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/70a07834-7945-419a-9308-a89d16039a8e.png" alt="Connecting to LinkR" style="max-width:400px; display:block; margin :auto;" />
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/773cf94e-acd7-4949-bbdb-66ed11c0c4be.png" alt="Connecting to LinkR" style="max-width:400px; display:block; margin :auto;" /></p>
<h2 id="continuation-of-the-project">Continuation of the project</h2>
<p>The current application is a <strong>prototype</strong>, the goal is to subsequently develop a web application with a backend in <strong>Python</strong>.</p>
<p>The project being open source and carried out by volunteers, <strong>any contribution is welcome</strong>!</p>
<h2 id="connections">Connections</h2>
<ul>
<li><a href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr" target="_blank">Framagit</a></li>
<li><a href="https://peertube.interhop.org/c/linkr/videos" target="_blank">Video tutorial</a></li>
<li><a href="https://linkr.interhop.org" target="_blank">Test platform</a></li>
</ul>
<h2 id="contact">Contact</h2>
<p>You can contact us by email at <a href="mailto:linkr-app@pm.me">linkr-app@pm.me</a>.</p>
<p>You can also contact us via instant messaging and opensource <a href="https://matrix.to/#/#linkr:matrix.interhop.org" target="_blank">Element</a>. A tutorial to help with connection is available <a href="https://pad.interhop.org/p/rynEJduy_" target="_blank">here</a>.</p>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}Health data science softwareLinkR2023-11-15T00:00:00+00:002023-11-15T00:00:00+00:00https://interhop.org/2023/11/15/linkr-logiciel-datasciences<div style="display: flex; align-items: center; justify-content: space-between;">
<div style="flex-grow: 1; display: flex; align-items: center;">
<h1 style="margin: 0;">Logiciel de data science en santé</h1>
</div>
<div>
<a href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/cbab0186-843b-4b63-9cee-ad9fee36a4ee.png" width="123" height="140" />
</a>
</div>
</div>
<!-- more -->
<p>Depuis l’<strong>informatisation</strong> des services hospitaliers, de <strong>nombreuses données</strong> sont disponibles pour la recherche dans le milieu de la <strong>santé</strong>.</p>
<p>Ces données sont stockées dans des <strong>entrepôts de données de santé</strong> (EDS), au sein des hôpitaux.</p>
<p>A l’heure actuelle, pour pouvoir utiliser ces données pour la recherche, il faut avoir des <strong>connaissances poussées</strong> en <strong>programmation</strong>. En effet, manipuler ces données nécessite des compétences en SQL, R et Python notamment.</p>
<p>La réalisation d’études sur EDS nécessite une <strong>collaboration étroite</strong> entre <strong>cliniciens</strong>, <strong>data scientists</strong> et <strong>statisticiens</strong>.</p>
<p>Il existe des <strong>plateformes de travail collaboratif</strong> telles que <a href="https://jupyter.org/" target="_blank">Jupyter Notebook</a>, où le code est mêlé à l’affichage des résultats de l’exécution de ce code. Néanmoins, cette plateforme nécessite des connaissances en programmation et a des fonctionnalités limitées, n’étant pas créée dans le but précis de la création d’études sur données d’EDS.</p>
<p>D’autre part, il existe des <strong>logiciels d’analyse statistique</strong>, avec des <strong>interfaces graphiques</strong> dites “no-code”, permettant de réaliser des analyses statistiques sans nécessiter de connaissances a priori en programmation. Ce type de logiciel ne permet habituellement pas de modifier le code, ce qui est limitant pour le data scientist <em>et le développement de nouvelles fonctionnalités</em>.</p>
<p>C’est pourquoi <strong>LinkR</strong> a été créée.</p>
<p>C’est une application web qui permet :</p>
<ul>
<li>au <img src="https://img.shields.io/badge/-clinicien-blue" alt="clinicien" /> : d’accéder aux données de santé avec une <strong>interface graphique</strong>, ne nécessitant pas de connaissances en programmation</li>
<li>au <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> : de manipuler les données via une interface de programmation <strong>R</strong> et <strong>Python</strong></li>
<li>à l’<img src="https://img.shields.io/badge/-étudiant-FF6347" alt="étudiant" /> : d’apprendre la manipulation des données médicales, à la fois en parcourant les dossiers des patients et manipulant les données agrégées</li>
</ul>
<p>Ainsi, elle permet aux <strong>différents intervenants</strong> impliqués dans la recherche médicale sur EDS de travailler de façon <strong>collaborative</strong>, sur une <strong>plateforme commune</strong>.</p>
<p>Du fait de cette plateforme commune adaptée aux <img src="https://img.shields.io/badge/-cliniciens-blue" alt="cliniciens" /> et aux <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientists-3EA646" alt="data scientists" />, les études peuvent être réalisées <strong>beaucoup plus vite</strong>, et avec l’apport de la <strong>spécificité de chacun</strong> : l’expertise médicale du clinicien et l’expertise des données du data scientist.</p>
<h2 id="vue-densemble">Vue d’ensemble</h2>
<p>LinkR permet l’analyse de données provenant de <strong>différentes sources</strong> :</p>
<ul>
<li>des données d’<strong>EDS hospitaliers</strong></li>
<li>des données issues de <strong>bases de données partagées</strong>, telles que les bases de données MIMIC ou AmsterdamUMCdb</li>
<li>des données issues de <strong>recueils de données</strong>, sous forme de fichiers CSV ou Excel</li>
</ul>
<p>Une fois ces données importées dans LinkR, vous pouvez créer des <strong>études</strong>. Chaque étude comprendra un ou plusieurs subsets de patients.</p>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/b2832a77-29aa-488d-bd1e-2c37b19761c2.svg" alt="Structure des données" style="display:block; margin:auto;" /><br /><br />
<em>Organisation des données au sein de LinkR</em>
</p>
<p>Une fois une étude créée, il faut la configurer.</p>
<p>Le principe est simple : une étude comporte une page “<strong>Données individuelles</strong>” et une page “<strong>Données agrégées</strong>”.</p>
<h3 id="données-individuelles">Données individuelles</h3>
<p>Dans la page des <strong>données individuelles</strong>, je créé, selon <strong>mes besoins</strong>, un template de <strong>dossier médical</strong>.</p>
<p>Par exemple, si mon étude porte sur les pneumopathies bactériennes, je vais créer :</p>
<ul>
<li>un onglet où seront affichés les <strong>compte-rendus</strong> des <strong>imageries</strong> médicales</li>
<li>un onglet où seront affichés les <strong>résultats bactériologiques</strong></li>
<li>un onglet où seront affichés les <strong>traitements antibiotiques</strong> reçus par le patient</li>
</ul>
<p>Avantages :</p>
<ul>
<li>le <img src="https://img.shields.io/badge/-clinicien-blue" alt="clinicien" /> peut donc visualiser les données des patients comme il a l’habitude de le faire, sous forme de dossier médical.</li>
<li>le <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> peut, s’il le souhaite, modifier le code permettant la visualisation de données.</li>
<li>l’<img src="https://img.shields.io/badge/-étudiant-FF6347" alt="étudiant" /> peut s’initier à la lecture d’un dossier clinique</li>
</ul>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/8aa2af3b-16d9-4e9a-a7f0-7c5ab126d8ae.png" alt="Données individuelles" style="border:solid 1px; color:#CECECE; padding:5px;" />
<em>Onglets de données individuelles avec un plugin "Console R"</em>
</p>
<h3 id="données-agrégées">Données agrégées</h3>
<p>Une fois que cela est fait, nous pouvons <strong>poursuivre notre étude</strong> via l’analyse des <strong>données agrégées</strong>.</p>
<p>De la même façon, je créé des <strong>onglets</strong>, correspondant aux <strong>différentes étapes de mon étude</strong> :</p>
<ul>
<li>pour visualiser la distribution des données et éliminer les <strong>données aberrantes</strong></li>
<li>pour créer et appliquer des <strong>critères d’exclusion</strong></li>
<li>pour créer et visualiser le <strong>flowchart</strong></li>
<li>pour réaliser les <strong>statistiques</strong> de mon étude</li>
<li>pour importer une <strong>bibliographie</strong></li>
<li>pour créer le <strong>rapport</strong> de mon étude</li>
</ul>
<p>Chacun de ces exemples correspond à ce qu’on appelle un <strong>plugin</strong> : c’est un script permettant d’ajouter une fonctionnalité à l’application.<br />Nous aurons donc un plugin “Flowchart”, un plugin “Bibliographie” etc.</p>
<p>Avantages :</p>
<ul>
<li>le <img src="https://img.shields.io/badge/-clinicien-blue" alt="clinicien" /> peut réaliser les statistiques sur les données, sans connaissances en programmation</li>
<li>le <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> peut, encore une fois, modifier le code des onglets, afin d’ajouter du code non proposé par les plugins.</li>
<li>l’<img src="https://img.shields.io/badge/-étudiant-FF6347" alt="étudiant" /> peut s’initier aux biostatistiques</li>
</ul>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/99d98f74-0b2a-4118-b42c-2aae450dd5b3.png" alt="Données agrégées" style="border:solid 1px; color:#CECECE; padding:5px;" />
<em>Onglets de données agrégées avec un plugin "Figure (ggplot2)"</em>
</p>
<p>Les différents intervenants peuvent <strong>communiquer</strong> via l’onglet “<strong>Messages</strong>”.</p>
<p>Ainsi :</p>
<ul>
<li>le <img src="https://img.shields.io/badge/-clinicien-blue" alt="clinicien" /> peut interroger le <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> s’il a des questions portant sur la programmation</li>
<li>le <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> peut interroger le <img src="https://img.shields.io/badge/-clinicien-blue" alt="clinicien" /> s’il a des questions portant sur la médecine</li>
<li>l’<img src="https://img.shields.io/badge/-étudiant-FF6347" alt="étudiant" /> peut interroger le <img src="https://img.shields.io/badge/-clinicien-blue" alt="clinicien" /> ou le <img src="https://img.shields.io/badge/-data_scientist-3EA646" alt="data scientist" /> selon ses besoins</li>
</ul>
<p>Le code peut être <strong>exécuté</strong> au sein des messages.</p>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/35e64252-8e70-462d-9ef0-273d84995404.png" alt="Messages" style="border:solid 1px; color:#CECECE; padding:5px;" />
<em>Echange de messages entre les membres de l'étude "Pneumopathies bactériennes"</em>
</p>
<h2 id="interopérabilité">Interopérabilité</h2>
<p>LinkR s’appuie sur le <strong>modèle de données commun OMOP</strong>, qui est un modèle utilisé par de nombreux hôpitaux dans le monde.</p>
<p>Ceci permet l’<strong>interopérabilité des données</strong>, il est ainsi possible de réaliser des <strong>études multicentriques</strong> facilement, en ne codant l’étude qu’une fois.</p>
<p>LinkR intègre des outils d’<strong>alignement des concepts</strong>, permettant de faire correspondre les concepts contenus dans différentes bases de données.<br />Par exemple pour faire correspondre le concept “123456 - Fréquence cardiaque” du centre 1 au concept “456789 - FC (bpm)” du centre 2.</p>
<p>Il est également possible de partager <strong>tout ce que vous développez</strong> au sein de LinkR.</p>
<p>A savoir :</p>
<ul>
<li>les <strong>études</strong> : si vous avez terminé votre étude, vous pouvez la partager en un clic à d’autres centres. Ils pourront, depuis l’application, <strong>télécharger votre étude</strong> et la <strong>lancer sur <em>leurs</em> données</strong>.</li>
<li>les <strong>scripts</strong> de data cleaning (quel data scientist n’a jamais fait un script pour filtrer les faux poids et les fausses tailles, et n’aurait pas aimé en avoir un déjà développé à disposition ?)</li>
<li>les <strong>plugins</strong> que l’on a vus plus haut</li>
<li>les <strong>sets de données</strong> : les codes permettant de charger les sets sont partagés, et non les données</li>
<li>les <strong>terminologies</strong> : vous pouvez partagez à la fois le code permettant de charger les concepts, mais aussi les <strong>concepts</strong> des différentes terminologies ainsi que les <strong>alignements</strong> que vous avez réalisés</li>
</ul>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/2a339440-b8aa-44ee-8236-4e4e632faf67.png" alt="Interopérabilité" style="width:100%; max-width:700px; display:block; margin:auto;" /><br />
<em>Interopérabilité algorithmique proposée par LinkR</em>
</p>
<p>En combinant l’<strong>interopérabilité des données</strong> ainsi que l’<strong>interopérabilité algorithmique</strong> (partage des études, scripts et plugins), LinkR permet rééllement de faire de la recherche selon les <strong>principes de la **principes de la <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Science_ouverte" target="_blank">“Science Ouverte” ou open science</a></strong></p>
<p>Ceci permet également une <strong>protection des données de santé</strong> : LinkR suit une <strong>architecture décentralisée</strong>, ce sont les <strong>algorithmes</strong> qui <strong>voyagent</strong> et non les données.</p>
<p align="center">
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/dc0a4f48-82b6-4769-9eec-43bd2ff3af62.png" alt="Catalogue de plugins" style="border:solid 1px; color:#CECECE; padding:5px; height:auto;" /><br />
<em>Catalogue de plugins disponibles sur le git d'InterHop. L'installation d'un plugin se fait en un clic.</em>
</p>
<h2 id="loffre-dinterhop">L’offre d’InterHop</h2>
<p><strong>InterHop</strong> propose déjà l’<strong>hébergement de données</strong> sur ses serveurs <strong>HDS</strong> (hébergeur de données de santé), loués à <a target="_blank" href="https://gplexpert.com/hebergement-donnees-sante-hds/">GPLExpert</a>.</p>
<p>L’association propose également d’utiliser <a href="https://interhop.org/2021/05/18/goupile-concevoir-formulaires"><strong>Goupile</strong></a>, un outil d’eCRF, permettant de <strong>recueillir des données</strong> directement sur les serveurs HDS.</p>
<p>InterHop proposera prochainement d’<strong>utiliser LinkR</strong> sur les <strong>serveurs HDS</strong>.</p>
<p>Ainsi, il sera possible de recueillir les données puis de réaliser les études au <strong>même endroit</strong>, de façon sécurisée.</p>
<p>InterHop proposera également un <strong>support</strong> à l’<strong>utilisation de LinkR</strong>.</p>
<h2 id="spécificités-techniques">Spécificités techniques</h2>
<p>LinkR est une application web créée avec la librairie <strong>Shiny</strong> en <strong>R</strong>.</p>
<p>C’est un logiciel <strong>open source</strong>, sous licence <strong>GPLv3</strong>.</p>
<p>L’application peut être installée via <a target="_blank" href="https://www.shinyproxy.io/"><strong>ShinyProxy</strong></a> et être protégée par une authentification par SSO.</p>
<p>Pour <strong>installer</strong> l’application, suivez les étapes <a target="_blank" href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr">indiquées ici</a>.</p>
<p>Vous pouvez également <a target="_blank" href="https://linkr.interhop.org">tester l’application ici</a> :</p>
<ul>
<li>avec les logs “test” / “test” pour ShinyProxy (cf première image ci-dessous)</li>
<li>en cliquant sur “LinkR - test - v0.2…”</li>
<li>puis de nouveau avec les logs “test” / “test” pour LinkR (cf deuxième image ci-dessous)</li>
</ul>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/70a07834-7945-419a-9308-a89d16039a8e.png" alt="Connexion à LinkR" style="max-width:400px; display:block; margin:auto;" />
<img src="https://pad.interhop.org/uploads/773cf94e-acd7-4949-bbdb-66ed11c0c4be.png" alt="Connexion à LinkR" style="max-width:400px; display:block; margin:auto;" /></p>
<h2 id="suite-du-projet">Suite du projet</h2>
<p>L’application actuelle est un <strong>prototype</strong>, le but est de développer par la suite une application web avec un backend en <strong>Python</strong>.</p>
<p>Le projet étant open source et réalisé par des bénévoles, <strong>toute contribution est la bienvenue</strong> !</p>
<h2 id="liens">Liens</h2>
<ul>
<li><a href="https://framagit.org/interhop/linkr/linkr" target="_blank">Framagit</a></li>
<li><a href="https://peertube.interhop.org/c/linkr/videos" target="_blank">Tuto en vidéo</a></li>
<li><a href="https://linkr.interhop.org" target="_blank">Plateforme de test</a></li>
</ul>
<h2 id="contact">Contact</h2>
<p>Vous pouvez nous contacter par courriel à <a href="mailto:linkr-app@pm.me">linkr-app@pm.me</a>.</p>
<p>Vous pouvez aussi nous contacter via la messagerie instantanée et opensource <a href="https://matrix.to/#/#linkr:matrix.interhop.org" target="_blank">Element</a>. Un tutoriel d’aide à la connexion est disponible <a href="https://pad.interhop.org/p/rynEJduy_" target="_blank">ici</a>.</p>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}Logiciel de data science en santéL’informatique médicale sera-t-elle éthique?2023-11-03T00:00:00+00:002023-11-03T00:00:00+00:00https://interhop.org/2023/11/03/la-recherche-sera-ethique<p>Historiquement, les logiciels cliniques étaient des systèmes simples. Ils permettaient la gestion des patient.e.s (identité, adresse, facturation) et colligeaient l’information clinique remplie par les praticiens. Ces systèmes basiques n’étaient pas considérés comme faisant partie de la médecine et n’étaient donc pas soumis aux processus scientifiques et aux obligations morales de l’innovation médicale.</p>
<!-- more -->
<p>Dans un futur proche (maintenant ?), nous disposeront d’une gamme de programmes interactifs et complexes qui, il est probable, auront une influence sur les résultats cliniques (positive ou négative). Nous auront des <a href="https://www.lebigdata.fr/big-data-soins-de-sante" target="_blank">algorithmes</a> de prédiction clinique, des aides à la décision clinique, des applications mobiles, des moteurs de triage (aux urgences par exemple), de l’aide automatique au codage… Même si cela n’est pas encore clairement démontré, nous parlons ici de diminuer les erreurs médicales, d’améliorer la présentation de l’information clinique, de réduire la souffrance et de sauver des vies.</p>
<p>Le modèle économique de développement de ces algorithmes impose leur propriétarisation. Le code source de ces programmes est majoritairement caché et la protection de la propriété intellectuelle se fait au détriment des patient.e.s. Ceci est contraire à l’éthique médicale qui préconise le partage des connaissances au reste de l’humanité.</p>
<h1 id="léthique">L’éthique</h1>
<p>Lors du développement de programmes en santé, il est important de reconnaître la dimension éthique que la médecine apporte par rapport aux autres industries.</p>
<p>Dans d’autres domaines d’activité humaine, le consommateur a souvent le choix d’utiliser ou non une technologie. Dans le cadre de la médecine et en urgence surtout, les patients ne pourront pas “choisir” de ne pas utiliser une technologie. De plus les logiciels et l’algorithmique feront sûrement partie de la médecine quotidienne de demain. Ils feront partie de l’<a href="https://www.pwc.fr/fr/vos-enjeux/data-intelligence.html" target="_blank">innovation clinique</a>.</p>
<h1 id="argent-public--code-public">Argent public = Code public</h1>
<p>La recherche médicale est en partie financée par l’État, donc par les contribuables. Lorsque cette recherche médicale publique aboutit au développement de logiciels ou d’algorithmes, il est logique que le code source soit ouvert, afin que l’investissement soit le plus avantageux possible pour les contribuables, éventuel.le.s patient.e.s. Pratiques qui sont loin d’être généralisées…</p>
<h1 id="lopensource-pour-la-validation-scientifique">L’opensource pour la validation scientifique</h1>
<p>Lorsqu’un programme est propriétaire, il n’y a aucun moyen de le tester indépendamment par des pairs. Cette validation externe des algorithmes est sacrifiée au nom du profit.</p>
<p>La publication ouverte des innovations médicales est le seul moyen d’obtenir un examen indépendant. Sans cela, nous devons simplement nous fier aux affirmations des propriétaires de la technologie. Ceci diminue drastiquement la sécurité pour les patient.e.s.</p>
<p>La publication ouverte permet également le développement itératif et continu d’une technologie existante. Lorsque la technologie est propriétaire, ce développement partagé ne peut tout simplement pas se produire. Pire, les propriétaires ont le contrôle exclusif de l’orientation du développement et même de la question de savoir si le développement se fera.</p>
<h1 id="lopensource-pour-lefficience-et-la-mise-en-commun-des-efforts">L’opensource pour l’efficience et la mise en commun des efforts</h1>
<p>Partager les connaissances signifie mettre en commun les efforts - si les connaissances sont librement disponibles, alors je n’ai pas besoin d’utiliser mes ressources pour les créer à nouveau. Je peux donc utiliser mon temps pour créer de nouvelles connaissances que je peux ensuite partager.</p>
<p>A minima si nous décidons d’adopter le modèle de l’industrie pharmaceutique qui limite l’accès à ses médicaments les plus récents, il faut alors imposer une durée maximale avant que l’algorithme entre dans le domaine publique.</p>
<p>Cependant les industries des algorithmes et du médicaments sont différentes. Les coûts de recherche et de développement des médicaments et de la recherche clinique dépasse largement le coût de développement d’algorithmes, surtout si nous mettons en commun nos efforts. Avec les logiciels, la réplication des coûts d’origine reste marginale. Il n’y a peu de raisons de ne pas partager ces développements avec tous ceux qui en ont besoin.</p>
<h1 id="la-médecine-comme-profession-open-source-par-excellence">La médecine comme profession “open-source” par excellence</h1>
<p>Historiquement, la médecine était une profession “open-source”. Les médecins ont eu amplement l’occasion au cours des millénaires d’expérimenter les dangers du charlatanisme, de l’alchimie et de la sorcellerie qui sont les conséquences inévitables d’un manque de partage ouvert et de révision ouverte par les pairs des développements en médecine.</p>
<p>La première promesse médicale, le <a href="https://www.conseil-national.medecin.fr/medecin/devoirs-droits/serment-dhippocrate" target="_blank">Serment d’Hippocrate</a>, contient un engagement clair de partage des connaissances : enseigner à la prochaine génération de médecins “sans salaire ni contrat”.</p>
<p>Ensuite, la <a href="https://www.conseil-national.medecin.fr/medecin/devoirs-droits/serment-dhippocrate" target="_blank">Déclaration de Genève</a> renforce cette responsabilité en matière de partage des connaissances et énonce : “JE PARTAGERAI mes connaissances médicales au bénéfice du. de la patient.e et pour les progrès des soins de santé”.</p>
<p>Il est difficile d’imaginer comment un.e professionnel.le de santé impliqué.e dans l’innovation en soins de santé pourraient s’opposer à l’ouverture de son travail sans être en conflit avec son éthique médicale.</p>
<p>Il faut au contraire proposer que les cliniciens et la communauté médicale prennent des mesures actives pour empêcher la propriétarisation de la médecine. Le libre doit devenir la norme en médecine. Et ceci est vrai pour tous les domaines - gouvernance, infrastructures, ontologies, algorithmes et logiciels…</p>
<blockquote>
<p>Cet article est librement inspiré de <a href="https://marcus-baw.medium.com/open-source-is-the-only-way-for-medicine-9e698de0447e" target="_blank">Open source is the only way for Medicine</a> par <a href="https://medium.com/@marcus_baw" target="_blank">Dr Marcus Baw</a></p>
</blockquote>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}Historiquement, les logiciels cliniques étaient des systèmes simples. Ils permettaient la gestion des patient.e.s (identité, adresse, facturation) et colligeaient l’information clinique remplie par les praticiens. Ces systèmes basiques n’étaient pas considérés comme faisant partie de la médecine et n’étaient donc pas soumis aux processus scientifiques et aux obligations morales de l’innovation médicale.Journées InterCHU - Réutilisation des données d’anesthésie / réanimation2023-10-23T00:00:00+00:002023-10-23T00:00:00+00:00https://interhop.org/2023/10/23/reunion-interchu-anesth-rea<p>Nous parlerons d’interopérabilité en anesthésie et réanimation !</p>
<!-- more -->
<h2 id="contexte">Contexte</h2>
<p>Les logiciels hospitaliers enregistrent quotidiennent et automatiquement des volumes importants de données pour le soin ou la facturation. Il est possible de réutiliser ces données pour un autre usage, comme la recherche ou le décisionnel.</p>
<p>Pour cela, plusieurs centres hospitaliers ont développé un entrepôt de données, qui après nettoyage des données et homogénéisation de la structure, permet de croiser des données issues au départ de logiciels différents <sup id="fnref:Degoul" role="doc-noteref"><a href="#fn:Degoul" class="footnote" rel="footnote">1</a></sup>.</p>
<p>Certains ont ensuite transformé les données dans un modèle de données commun (OMOP), qui permet de s’affranchir des vocabulaires et logiciels utilisés localement, en standardisant la structure de données et le vocabulaire <sup id="fnref:Lamer" role="doc-noteref"><a href="#fn:Lamer" class="footnote" rel="footnote">2</a></sup>.</p>
<p>Vous voulez nous rejoindre ? Discutons lors de notre prochain webinar distanciel.</p>
<h2 id="quand-et-où-">Quand et où ?</h2>
<p>Mardi 26 juin à 13h00.</p>
<p>Voici le lien Big Blue Button de la visio-conférence : <a href="https://visio.octopuce.fr/b/int-a1t-rpf-huo">https://visio.octopuce.fr/b/int-a1t-rpf-huo</a>.</p>
<p>N’hésitez pas à transférer cette information aux personnes potentiellement intéressées.
N’hésitez pas à faire remonter des points que vous voudriez faire partager à la communauté !</p>
<p>Au plaisir</p>
<div class="footnotes" role="doc-endnotes">
<ol>
<li id="fn:Degoul" role="doc-endnote">
<p>Degoul S, Chazard E, Lamer A, Lebuffe G, Duhamel A, Tavernier B. lntraoperative administration of 6% hydroxyethyl starch 130/0.4 is not associated with acute kidney injury in elective non-cardiac surgery: A sequential and propensity-matched analysis. Anaesth Crit Care Pain Med. 2020 Apr;39(2):199-206. doi: 10.1016/j.accpm.2019.08.002. Epub 2020 Feb 14. PMID: 32068135 <a href="#fnref:Degoul" class="reversefootnote" role="doc-backlink">↩</a></p>
</li>
<li id="fn:Lamer" role="doc-endnote">
<p>Lamer A, Abou-Arab O, Bourgeois A, Parrot A, Popoff B, Beuscart JB, Tavernier B, Moussa MD. Transforming Anesthesia Data Into the Observational Medical Outcomes Partnership Common Data Model: Development and Usability Study. J Med Internet Res. 2021 Oct 29;23(10):e29259. doi: 10.2196/29259. PMID: 34714250; PMCID: PMC8590192. <a href="#fnref:Lamer" class="reversefootnote" role="doc-backlink">↩</a></p>
</li>
</ol>
</div>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}Nous parlerons d’interopérabilité en anesthésie et réanimation !Toobib x Numérique en Commun[s]2023-10-18T00:00:00+00:002023-10-18T00:00:00+00:00https://interhop.org/2023/10/18/nec<p>L’association InterHop est ravie de participer à l’évènement <a href="https://numerique-en-communs.fr/event/pitch-5-projets-numerique-en-sante/" target="_blank">“Numérique en Commun[s]”</a> le 19 octobre 2023 pour présenter notre projet au Palais de la Bourse à Bordeaux</p>
<!-- more -->
<p>Voici la retransmission de l’évènement sur notre plateform Peertube.</p>
<div class="responsive-video-container">
<iframe title="5 projets qui prouvent que le numérique en santé, ce n'est pas que des robots-chirurgiens ! #NEC23" src="https://peertube.interhop.org/videos/embed/d01bdce8-d434-40bc-a345-24a29cd1aca6?start=38m57s" frameborder="0" allowfullscreen="" sandbox="allow-same-origin allow-scripts allow-popups"></iframe>
</div>
<p>Depuis plusieurs années maintenant, InterHop se bat pour défendre un numérique protecteur des secrets des patient.e.s.
Le logiciel opensource est un point d’intérêt central pour l’association puisqu’il permet à tous et toutes (avec quelques connaissances quand même :-)) de critiquer et d’améliorer le logiciel.</p>
<p>Après avoir proposer des solutions libres pour la recherche comme le formulaire <a href="https://goupile.fr" target="_blank">Goupile</a> ou l’outil d’analyse <a href="https://linkr.interhop.org" target="_blank">Linkr</a>, nous avons choisi d’être partenaire de la toute nouvelle association <a href="https://toobib.org" target="_blank">Toobib.org</a> et donc de proposer des outils numériques Opensource pour le soin.
Toobib est une plateforme complète de logiciels libres et open-source à destination des professionnel·les de santé.</p>
<p>Voici notre vision des communs numériques en santé.</p>
<div class="responsive-video-container">
<iframe title="Communs numériques - Libérer le logiciel de l’hôpital" src="https://peertube.interhop.org/videos/embed/55c5107b-108d-4d57-b3c5-ce83c533c1dd" frameborder="0" allowfullscreen="" sandbox="allow-same-origin allow-scripts allow-popups"></iframe>
</div>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}L’association InterHop est ravie de participer à l’évènement “Numérique en Commun[s]” le 19 octobre 2023 pour présenter notre projet au Palais de la Bourse à BordeauxMaquette de toobib.org2023-10-17T00:00:00+00:002023-10-17T00:00:00+00:00https://interhop.org/2023/10/17/maquette-toobib<h1 id="toobiborg">Toobib.org</h1>
<p><a href="https://toobib.org" target="_blank">Toobib.org</a> est une plateforme web (site internet) sur laquelle les patient.e.s pourront chercher les professionnel.le.s de santé inscrit.e.s.</p>
<!-- more -->
<p>A partir de ce point d’accès central les professionnel.le.s de santé PS pourront s’inscrire aux services numériques disponibles (visio, dossier patient…) sur un des serveurs certifiés pour la santé (HDS) du réseau. Ceci participe à la décentralisation du stockage des données de santé et à l’autonomie des acteurs du réseau de soin.</p>
<p>Toobib.org est donc un équivalent dédié à la santé du site web <a href="entraide.chatons.org" target="_blank">entraide.chatons.org</a>.</p>
<h1 id="porteur-du-projet">Porteur du projet</h1>
<p>Ce projet est porté par l’association éponyme : <a href="https://toobib.org" target="_blank">Toobib.org</a>.
Voici <a href="https://toobib.org/us" target="_blank">un lien vers les membres</a> de cette belle asssociation.</p>
<p>L’association InterHop est membre de Toobib.</p>
<h1 id="maquette">Maquette</h1>
<p>Avec cette maquette nous souhaitons vous montrer la future version du site web Toobib.org.
Voici l’url pour y avoir accès : <a href="https://toobib.org/maquette" target="_blank">toobib.org/maquette</a>.</p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/f471f8c7-9d3c-4302-b08e-b8bdc48e7070.png" alt="" /></p>
<p>Merci particulièrement à Cyril VERNEUIL et Quentin PARROT pour leur travail réalisé cet été.</p>
<p>Le code du site web sera opensource en licence copy left<sup id="fnref:git" role="doc-noteref"><a href="#fn:git" class="footnote" rel="footnote">1</a></sup>.</p>
<p>Ce site présentera</p>
<ul>
<li>l’association Toobib.</li>
<li>les fonctionnalités du site internet Toobib.org permettant
<ul>
<li>coté patient.e : la recherche de professionnel.le.s de santé</li>
<li>coté soignant.e : l’inscription des professionnel.le.s de santé à la plateforme.</li>
</ul>
</li>
</ul>
<p>Nous souhaitons utiliser la police de caractère luciole<sup id="fnref:luciole" role="doc-noteref"><a href="#fn:luciole" class="footnote" rel="footnote">2</a></sup>, spécifiquement conçu pour les malvoyant.e.s</p>
<h1 id="communauté">Communauté</h1>
<p>Soignant.e.s ou patient.e.s nous serions ravis d’avoir vos retours.
Vous pouvez écrire à l’équipe de Toobib à contact@toobib.org ou discuter sur le forum matrix dédié à Toobib : <a href="https://matrix.to/#/#toobib:matrix.interhop.org" target="_blank">https://matrix.to/#/#toobib:matrix.interhop.org</a>.</p>
<div class="footnotes" role="doc-endnotes">
<ol>
<li id="fn:git" role="doc-endnote">
<p><a href="https://framagit.org/toobib" target="_blank">https://framagit.org/toobib</a> <a href="#fnref:git" class="reversefootnote" role="doc-backlink">↩</a></p>
</li>
<li id="fn:luciole" role="doc-endnote">
<p><a href="https://www.luciole-vision.com/" target="_blank">https://www.luciole-vision.com/</a> <a href="#fnref:luciole" class="reversefootnote" role="doc-backlink">↩</a></p>
</li>
</ol>
</div>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}Toobib.org Toobib.org est une plateforme web (site internet) sur laquelle les patient.e.s pourront chercher les professionnel.le.s de santé inscrit.e.s.EasyAppointments - gestion des outils externes (entre autres)2023-07-07T00:00:00+00:002023-07-07T00:00:00+00:00https://interhop.org/2023/07/07/stagiaire4-post1<p>L’association InterHop est ravie d’avoir reçu sa quatrième promotion de stagiaires en développement web. Merci pour leur confiance.</p>
<p>De nouveau, ils viennent de l’école d’informatique <a href="https://www.eni-ecole.fr">ENI Ecole informatique</a>. Il s’agit de Tom Willem et Arthur Lepley.</p>
<!-- more -->
<p>Début d’année 2023 (troisième promotion) nous avions travaillé notamment sur la ”<a href="https://interhop.org/2022/12/14/stagiaire2-ea-post-1">suppression automatique des informations ainsi que le mode imprévu”</a>.</p>
<p>Voici la liste des fonctionnalités mises en place par cette dernière promotion de stagiaires.</p>
<h1 id="affichage-de-la-page-des-cgu">Affichage de la page des CGU</h1>
<p>https://easyappointments-test.interhop.org/index.php/CGU</p>
<p>Les conditions générales d’utilisation ainsi que la politique de confidentialité ont été ajoutées sur une page externe, accessible depuis un lien dans le footer de l’application.</p>
<p>Il est disponible pour les patients dans le formulaire, et dans le back office.</p>
<p>La page est ainsi accessible depuis n’importe quel endroit de l’application.</p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/0727bdfa-d645-4d98-833e-b323277d24fd.png" alt="" /></p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/2a03f439-3425-43d5-91c8-5d46c8b92cd5.png" alt="" /></p>
<p>Le bouton “Retour” renvoie à la page consultée précédemment.</p>
<h1 id="option-basculer-laffichage-côté-patient">Option basculer l’affichage côté patient</h1>
<p>Cette fonctionnalité ajoute un paramètre dans le backend, accessible uniquement par l’administrateur. Un sélecteur permet de basculer entre deux modes sur la première page du formulaire de prise de rendez-vous :</p>
<ul>
<li>Choisir un soignant d’abord, puis choisir entre tous les types de consultations qu’ils proposent.</li>
<li>Choisir un type de consultation d’abord, puis choisir parmi les soignantes qui peuvent s’en occuper.</li>
</ul>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/3e2f3bec-5b8b-4a84-ba8e-d330cca5d634.png" alt="" /></p>
<h2 id="loption-alterner-laffichage">L’option ‘Alterner l’affichage’.</h2>
<p>Pour ajouter ce paramètre, il a fallu insérer une nouvelle entrée dans la table <code class="language-plaintext highlighter-rouge">settings</code> en base de données.</p>
<p>Voici les deux vues</p>
<h3 id="affichage-soignant-dabord">Affichage “Soignant d’abord”</h3>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/d182484b-ae2f-4a59-88ac-115fe52239b7.png" alt="" /></p>
<h3 id="affichage-consultation-dabord">Affichage “Consultation d’abord”</h3>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/979e9824-3f02-4a8e-9be8-21ee3194b7f9.png" alt="" /></p>
<p>Les consultations sont triées par catégories. En mode ‘consultation d’abord’, une option ‘premier soignant disponible est ajoutée à la fin pour la consultation choisie.</p>
<h1 id="gestion-des-outils-externes">Gestion des outils externes</h1>
<p>La génération automatique de liens de visio et partage de documents étant en développement, une fonctionnalité pour gérer les outils informatiques externes et les associer aux consultations a été implémentée.</p>
<p>Cette gestion se passe dans la page ‘consultations’ du backend, accessible aux soignants et aux administrateurs. Un nouvel onglet ‘outils externes’ à été créé, avec possibilité d’ajouter, éditer et supprimer des outils.</p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/ae15a937-17e2-42dc-b4d8-b7486bd47318.png" alt="" /></p>
<p>Sur l’onglet ‘consultations’, une liste de checkboxes permet de choisir les outils à associer à la consultation sélectionnée.</p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/93be7f3b-0587-4071-9d4c-56a8596f144d.png" alt="" /></p>
<p>Pour faciliter la gestion, les outils sont triés par type : un champ dans l’onglet ‘outils externes’ permet de donner un type à l’outil sélectionné, et de créer et supprimer de nouveaux types à l’aide de prompts.</p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/71719220-bc4a-429f-96f8-637e3198a464.png" alt="" /></p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/84e7dfb0-bf51-4bc5-98da-b0e84ebe8b1b.png" alt="" /></p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/556d0b6f-a0f9-4aba-b9ec-da51b7e18670.png" alt="" /></p>
<h2 id="la-gestion-des-types-doutils">La gestion des types d’outils</h2>
<p>Une migration de la base de données a été nécessaire pour cette fonctionnalité : la table existante <code class="language-plaintext highlighter-rouge">external_tools</code> a été reliée à la table <code class="language-plaintext highlighter-rouge">services</code> par une table intermédiaire, et une nouvelle table <code class="language-plaintext highlighter-rouge">types</code> a été créée, reliée à <code class="language-plaintext highlighter-rouge">external_tools</code> par l’ID du type.</p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/bb015dc7-bbbf-4b49-bc63-e0060868fb18.png" alt="" /></p>
<h1 id="message-vérifiez-dans-vos-spams">Message ‘vérifiez dans vos spams’</h1>
<p>Le message d’invitation à regarder dans le dossier des spams de sa boîte e-mail a été rajouté à la page d’envoi du code de vérification au moment de la prise de rendez-vous.</p>
<h1 id="réinitialisation-forcée-du-mot-de-passe-de-tous-les-utilisateurs">Réinitialisation forcée du mot de passe de tous les utilisateurs</h1>
<p>Ajout d’une fonctionnalité permettant la réinitialisation de tous les mots de passe par l’administrateur, dans la page “paramètres”. Les mots de passe réinitialisés sont envoyés par email.</p>
<p><img src="https://pad.interhop.org/uploads/b6aa73e2-e147-4dd9-b79b-7760fef1d302.png" alt="" /></p>
<p>Cette fonctionnalité est en alpha !
Elle nécessite encore <strong>des améliorations, comme une demande de validation</strong> (par un prompt qui demande le mot de passe de l’admin, par exemple) avant de réinitialiser tous les mots de passe.
Il faut aussi faire en sorte que <strong>le mot de passe de l’admin à l’origine de la réinitialisation soit exclu du changement</strong>. :-)</p>{"name"=>nil, "email"=>nil, "twitter"=>nil}L’association InterHop est ravie d’avoir reçu sa quatrième promotion de stagiaires en développement web. Merci pour leur confiance. De nouveau, ils viennent de l’école d’informatique ENI Ecole informatique. Il s’agit de Tom Willem et Arthur Lepley.