Hackathon sur données
L’association InterHop organisera un hackathon sur données (Datathon) en septembre 2024.
Un datathon est un événement regroupant sur quelques jours des spécialistes du traitement des données, des soignant·es et des patient·es pour travailler de façon collaborative sur de la programmation informatique.
En seulement deux à trois jours, les équipes sont chargées de développer une solution en réponse à une problématique de recherche spécifique.
Le Datathon se destine aux professionnel·les de santé, aux patient·es et aux data scientists. Il n’y a aucun prérequis nécessaire, en particulier il n’est pas nécessaire d’avoir des connaissances en programmation pour participer. Le but du datathon est de créer du lien entre les différents acteurs impliqués dans la recherche autour de ces données.
Voici une vidéo de présentation du datathon des hôpitaux de Paris de 2018 co-organisé avec la Société Française d’Anesthésie et de Réanimation (SFAR) et la Société de Réanimation de Langue Française (SRLF).
Le datathon aura lieu à la Maison Des Associations, 6 Cours des Alliés à 35000 Rennes.
Il commencera le jeudi 5 septembre 2024 à 9h et finira le vendredi 6 septembre à 18h.
Voici le programme plus en détails :
InterHop met à disposition le logiciel LinkR (disponible sur un simple navigateur) ainsi que des serveurs pour réaliser les traitements de données. N’oubliez pas d’apporter votre ordinateur personnel !
Les frais de location de la salle et des serveurs sont pris en charge par l’association InterHop. Nous vous demanderons une participation pour les repas du midi et du soir. Les frais de transports et de logement restent à votre charge.
Voici le replay de la réunion d’information sur les modalités pratiques de réalisation du datathon.
Chacun·une est libre de venir avec ses propres sujets.
Voici une liste préliminaire disponible dans ce billet de blog : https://interhop.org/2024/06/26/datathon-sujet
La principale source de données utilisée sera la base de données MIMIC au format OMOP1.
Le modèle commun de donnée OMOP2 et notre plateforme Low Code de Data Science LinkR seront de la partie.
Dans son format complet elle contient plus de 45000 patient·es hospitalisé·es en réanimation.
Dans ce format il est nécessaire de passer un diplome s’appelant le CITI : https://physionet.org/about/citi-course/
Il faut donc :
Ces étapes sont obligatoires pour avoir avoir accès à la version complète de MIMIC-OMOP.
Si vous ne souhaitez pas prendre du temps pour passer ce diplôme vous pourrez tout de même avoir accès à MIMIC. :-)
Par contre nous vous mettrons à disposition un jeu de patient·es restreint ; contenant une centaine de patient·es seulement.
Aussi si vous souhaitez utiliser un autre jeu de données le CITI n’est évidemment pas nécessaire.
Pour vous inscrire il suffit de remplir ce questionnaire en ligne : https://goupile.interhop.org/datathon.
Rejoignez-nous aussi sur messagerie d’équipe Element ! Voici fil de discussion public dédié au Datathon : https://matrix.to/#/#datathon:matrix.interhop.org